Po kasacie klasztoru w 1831 roku gmina ewangelicka otrzymała kościół św. Jakuba (nabożeństwa ewangelickie od 1833 roku).
Ponieważ kościół św. Jakuba stawał się zbyt mały możliwe, że już w 1909 roku rozpoczęto myśleć o budowanie nowego kościoła. Dopomogła w tym najprawdopodobniej cesarzowa Augusta Wiktoria żona Wilhelma II.

Na budowę nowego kościoła, którego architektem był profesor Karl Weber z Politechniki Gdańskiej wyznaczono działkę przy ul. Leśnej, wówczas Waldstraße 5/6. Kościół zaprojektowano w stylu neogotyckim i budowano w latach (początek budowy - 05.IV) 1913 - (poświęcony - 31.X) 1920. Nazwany został kościołem Pojednania (Versöhnungkirche) na znak dziękczynny zwycięstwa nad Francją w 1871 roku. W 1924 roku zawieszono trzy dzwony (mały około 800 kg, średni około 1 150 kg i duży około 1 850 kg). Dwony wykonała odlawnia "Gegossen von Bochumer Verein in Bochum". W 1926 roku wstawiono organy wykonane przez firmę Wittek z Elbląga.
Proboszczem parafii ewangelickiej był wówczas Karl Emil Albert Otto (1920-1933), po nim Johann Vorwerek (1934-1945). Dr Vorwerek wysiedlono w 1945 roku.

Po II wojnie światowej w dniach 10-12 kwietnia 1945, z inicjatywy opata szczyrzyckiego o. Benedykta Birosa, przybyli do Oliwy pierwsi cystersi: oo. Eugeniusz Kosma i Gerard Matuła, którzy zamieszkali tymczasowo w domu nr 32 przy ulicy Wita Stwosza (wówczas Alei Sprzymierzonych).
Początkowo za zgodą kanclerza kurii Biskupiej w Oliwie ks. Aleksandra Lubomskiego o. opat Benedykt Biros przejął poewangelicki kościół przy ulicy Leśnej 5/6.
Kościół zachował się w dość dobrym stanie. Jedynie od wybuchu pocisku uszkodzone zostało sklepienie kościoła, witraże i wieża od strony zachodniej. Zniszczeniu uległy również organy i urządzenia dzwonne.
Już na początku maja 1945 roku kościół przy ul. Leśnej 5/6 nazwany został kościołem pod wezwaniem "Matki Bożej Królowej Korony Polskiej". Poświęcenia dokonał kanclerz ks. Lubomirski.
W dniu 2 lipca 1945 roku Ordynariusz Diecezji Gdańskiej, ks. bp. Splett oficjalnie przekazał kościół i dom parafialny przy ul. Polanki 131 cystersom.

Cystersi w tym czasie podjęli pracę w pobliskich szkołach ucząc łaciny, geografii i religii. Uczyli w Liceum przy ul. Polanki, szkole białej przy ul. Cystersów i szkole czerwonej przy ul. Opackiej.

Dopiero w dniu 6 września 1956 roku, po załatwieniu wszystkich formalności z gminą ewangelicką i z Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Gdańsku cystersi stali się prawnymi właścicielami kościoła przy ul. Leśnej i posesji przy ul. Polanki.

Od 1988 roku to kościół parafialny Matki Bożej Królowej Korony Polskiej. W dniu 21 sierpnia 1988 roku w dzień św. Bernarda odbyła się uroczysta inauguracja działalności nowoutworzonej parafii.


Dom parafialny znajdujący się dziś przy ul. Polanki 131 (dawniej Pelonkeraße 131) wybudowano w 1934 roku (Fr. Mamuszka) - budowany był w latach 1937-1938 (www.oliwa.cystersi.pl).
Prócz urzędu pobierającego podatek na piętrze znajdowały się pokoje gościnne zajmowane podczas wakacji przez teologów ewangelickich (z Uniwersytetu w Berlinie). W domu w sali widokowej znajdowało się również kino wykorzystywane do celów religijnych.

Po wyzwoleniu Oliwy dom zajęty został przez sowieckie władze wojskowe, które w lipcu 1945 roku przekazały go przybyłym do Oliwy Cystersom. Po wojnie w "klasztorku" przez jakiś czas funkcjonowało ponownie kino wspominane przez mieszkańców. W dniu 22.09.1946 roku wystąpił w sali widokowej humorysta Ludwik Sempoliński i jak pisał wówczas Dziennik Bałtycki była "to pierwsza tego typu impreza w Oliwie".