Kościół św. Jakuba stoi w najwyższym punkcie w starej części Oliwy przy zbiegu ulic Opackiej i Cystersów. Pochodzi z około 1300 roku. Wcześniej mógł istnieć w tym miejscu jeszcze drewniany kościółek. Wybudowany został dla okolicznej ludności.
W 1577 roku podczas trzykrotnych napadów gdańszczan na dobra klasztorne kościół został spalony a do czasu jego odbudowy posługi kapłańskie odbywały się w kościele klasztornym (Katedrze) prawdopodobnie w miejscu dzisiejszej kaplicy Mariackiej.
Odbudowywano go w latach 1591-1592 za czasów opata Dawida Konarskiego (1589-1616) a w dniu 16.01.1604 roku odbyło się poświęcenie kościoła przez Franciszka Łąskiego (sufragan Włocławski - 1597-1617). Odbudowa jednak nie była staranna, co spowodowało, iż w 1637 roku naprawiono mury grożące zawaleniem. Działo się to za czasów opata Kazimierza Dąbrowskiego (1703-1722) kiedy to kościół mógł być również przebudowywany, na co wskazuje chorągiewka z 1709 roku umieszczona na wieży upamiętniająca również odbudowę (herby i inicjały opatów D. Konarskiego i K. Dąbrowskiego).
Za czasów opata Jacka Rybińskiego (1740-1782) przeprowadzane były również prace remontowe, na co wskazuje rokokowy kartusz na wschodnim szczycie.
Od dnia 01.10.1831 roku po kasacie klasztoru w kościele odprawiane były nabożeństwa katolickie, a od dnia 14.02.1833 roku kościół przeszedł pod administrację gminy ewangelickiej.
W dniu 30.11.1834 roku odbyło się w nim pierwsze nabożeństwo ewangeliczne. W latach 1879-1882 gmina ewangelicka przeprowadziła gruntowny remont kościoła i wybudowała kruchtę zachodnią.
W 1920 roku wybudowany został nowy kościół ewangelicki (budowa w latach 1913-1920, architekt prof. Karl Weber) przy ul. Leśnej, dlatego ostatnie nabożeństwo w kościele św. Jakuba odbyło się w dniu 31.10.1920 roku.
Ponownie przeznaczony został katolikom w dniu 02.07.1945 roku. Około roku 1960 przeprowadzona została ponowna konserwacja budowli. Wtedy odsłonięto najstarsze gotyckie części muru na ścianach zewnętrznych oraz zlikwidowano cmentarz. W latach 70 XX wieku kościół znów przechodził renowację. Odsłonięto wówczas łęki i fragmenty fryzu po stronie południowej, a w roku 1974 podczas badań archeologicznych odsłonięto fundamenty. Odkrycia te wskazują, że kościół posiadał niegdyś nawę południową.

Kościół św. Jakuba jest dwunawowy, o długości 28 m, szerokości 10 m, wysokości 12 m i liczy sobie 220 metrów kwadratowych.
W drzwiach prowadzących do kościoła znajduje się zamek z rokokowym ornamentem.
Wewnątrz: rokokowa ambona wykonana za czasów opata Jacka Rybińskiego; rokokowy konfesjonał; rokokowy zdobiony złoceniami ołtarz wykonany najprawdopodobniej przez braci zakonnych z drugiej połowy XVIII wieku (w górnej części obraz przedstawiający Zmartwychwstanie, pod nim na drewnianym kartuszu postacie Adama i Ewy, w nastawie nowoczesna kompozycja, która zastąpiła po ostatnim remoncie obraz przedstawiający Chrystusa z 1853 roku wykonany przez malarza gdańskiego L. Sy.); w kruchcie na północnej ścianie współczesna rzeźba Chrystusa na krzyżu; drzwi do zakrystii z okuciem żelaznym z XVIII wieku; w posadzie sześć płyt nagrobnych (cztery z herbami) - od wschodu: Stephan Kroiesky (zm. 1702), Johan von der Lind (zm. 1646) - "króla polskiego najlepszy pułkownik" - herb, obok schodów na chór: płyta z 1640 roku, płyta z 1743 roku, zatarta z herbem, z jeleniem w herbie.

We wrześniu 2006 roku zakończono montaż 35 reflektorów oświetlających kościół św. Jakuba. Jest to zakończenie oliwskiej części projektu rozpoczętego w 1999 roku oświetleniem katedry i pałacu opatów.


CMENTARZ: Wokół kościoła św. Jakuba istniał cmentarz, na którym w 1308 roku pochowano rycerzy pomorskich. Opat Rüdiger (1298-1313) przebywając w Gdańsku w dniu 13.11.1308 roku widząc okrucieństwo Krzyżaków zabrał z miejsca kaźni rycerzy pomorskich, przewiózł ich do Oliwy i pochował.
Po kasacie klasztoru cmentarzyk, na którym chowano przedstawicieli katolickich i ewangelickich stał się zbyt mały, co spowodowało, iż w roku 1878 przestano tu chować zmarłych a na nowy cmentarz przeznaczono początkowo w 1832 roku dwie morgi ziemi.
Około 1960 roku wykonano rewaloryzację kościoła i uporządkowano teren wokół likwidując przy tym cmentarz. Przed likwidacją cmentarza znajdowały się jeszcze na nim stare nagrobki (Oliwa. Okruchy z dziejów zabytki. Franciszek Mamuszka. Gdańsk 1985): "m.in. klasycystyczny z 1799 r., i przy nim płyta nagrobna z 1834 r. Obok niej stały słupki z 1729 r., a także nagrobek z 1788 r."