Nawę południową wybudowano w pierwszej połowie XIII wieku. Przykryto ją krzyżowym sklepieniem, które obecnie jest najstarszym zachowanym na terenie Gdańska. Znajdują się tu również dwa portale z 1660 roku prowadzące do krużganków. Wschodni dla braci kapłanów i zachodni dla braci konwersów. W 1970 i 1971 roku na południowej ścianie umieszczono płyty nagrobne opatów (Dawida Konarskiego, Kazimierza Dąbrowskiego, Michała Konarskiego, Jacka Rybińskiego) i płytę nagrobną Feliksa i Eufrozyny Konarskich. By nie uległy zniszczeniu wyjęto je z posadzki katedry (głównie z okolicy prezbiterium).